Modus
Für die Zwischenrunde gesetzt sind die zwölf Gruppensieger sowie die vier besten Gruppendritten aus der Champions League, wobei ein erneutes Aufeinandertreffen des Gruppenersten und -zweiten einer Gruppe ausgeschlossen ist. Zudem dürfen zwei Vertreter eines Landesverbandes frühestens im Achtelfinale aufeinander treffen. Die ungesetzten Mannschaften haben zunächst Heimrecht.
Gruppensieger der Europa League
Fenerbahce SK, APOEL Nikosia, AS St.-Etienne, Zenit St. Petersburg, AS Rom, KRC Genk, Ajax Amsterdam, Shakhtar Donezk, FC Schalke 04, AC Florenz, Sparta Prag, Osmanlispor
Gruppenzweite der Europa League
Manchester United, Olympiakos Piräus, RSC Anderlecht, AZ Alkmaar, Astra Giurgiu, Athletic Club, Celta Vigo, KAA Gent, FK Krasnodar, PAOK Saloniki, Hapoel Beer Sheva, FC Villarreal
Gruppendritte der Champions League
Gesetzt: Besiktas JK, FC Kopenhagen, Olympique Lyon, Tottenham Hotspur
Nicht gesetzt: Legia Warschau, Ludogorez Rasgrad, Borussia Mönchengladbach, FK Rostov
Termine
Zwischenrunde: 16.02. und 23.02.
Achtelfinale: 09.03. und 16.03.
Viertelfinale: 13.04. und 20.04.
Halbfinale: 04.05. und 11.05.
Finale in Solna: 24.05.2017